با آغاز جنگ میان جمهوری اسلامی ایران و اسرائیل گزارشهای پراکندهای از حضور کماندوهای اسرائیلی در خاک ایران منتشر شد. اکنون این موضوع را سرلشکر ایال زمیر فرمانده ستاد مشترک ارتش اسرائیل تأیید کرده است.
در همان نخستین روزهای آغاز جنگ میان جمهوری اسلامی و اسرائیل بود که برخی منابع غیررسمی و همچنین بر اساس مشاهدات شماری از شهروندان در بعضی نقاط ایران از جمله مناطق کویری، حوالی پادگانها و لانچرهای موشک، زاغههای مهمات، مراکز اتمی و صنعتی افراد ناشناس با یونیفرم یا لباس شخصی اما مسلح دیده شدند.
همچنین پس از آنکه آسمان ایران در اوایل هفته دوم جنگ بطور کامل تحت اختیار جنگندههای اسرائیل قرار گرفت گزارشهای تأییدنشدهای از رؤیت یک هواپیما هرکولس (C-130) در مناطق مرکزی کشور و شمال اصفهان وجود داشت. هواپیمایی که عمده مأموریت آن انتقال نیروهای ویژه و چترباز است.
از سوی دیگر طبق گزارش منابع امنیتی جمهوری اسلامی، تعداد زیادی از مأموران موساد (نیروهای اسرائیلی و همکاران ایرانی آنها) در شهرهای مختلف زنجیرهای از مأموریتهای پیچیده را علیه عوامل نظامی و امنیتی حکومت، مراکز نظامی و هستهای جمهوری اسلامی پیش بردند.
اکانت فارسی موساد روز چهارشنبه چهارم تیرماه ۱۴۰۴ با انتشار ویدیویی اعلام کرد که کماندوهای اسرائیلی در خاک ایران حضور داشتند.
در ارتباط با مأموریت کماندوهای ارتش اسرائیل در خاک ایران، سرلشکر ایال زمیر فرمانده ستاد مشترک ارتش اسرائیل روز چهارشنبه ۲۵ ژوئن (چهارم تیرماه) برای اولین بار تأیید کرد که واحدهای عملیات ویژه این کشور در داخل ایران حضور داشتند و عملیاتهایی را انجام دادهاند.
او در اینباره گفت: «ما آسیب قابل توجهی به توانمندیهای موشکی ایران وارد کردیم؛ صدها سکوی پرتاب را از بین بردیم و برنامههای آنها را برای افزایش توان رزمی بطور جدی به تأخیر انداختیم. علاوه بر این، موفق شدیم برتری اطلاعاتی، فناوری و هوایی به دست آوریم. ما به سطحی از آزادی عملیاتی در آسمان ایران و در هر نقطهای که تصمیم به اقدام گرفتیم، رسیدیم.»
ژنرال زمیر همچنین توضیح داد این دستاوردها «از جمله به لطف هماهنگی کامل و عملیات فریب توسط نیروهای عملیات ویژه هوایی و زمینی حاصل شد.»
او گفت: «این نیروها به صورت مخفیانه در عمق خاک دشمن فعالیت کردند و عملیاتهایی انجام دادند که آزادی عمل عملیاتی را برای ما فراهم کرد.»
مراحل مختلفِ عملیات نیروهای ویژه ارتش، با نیروهای موساد هماهنگ بود و گفته میشود که بعد از آتشبس نیز وارد مرحله دوم شده است. همچنین دونالد ترامپ رئیس جمهوری آمریکا در کنفرانس خبری پس از حضور در نشست ناتو در لاهه با اشاره به بمباران تأسیسات اتمی در ایران گفت: «مأموران موساد، سازمان اطلاعات و عملیات ویژه اسرائیل پس از حمله ایالات متحده به تأسیسات اتمی فردو در ایران از منطقه حمله بازدید به عمل آوردند.»
نهادهای امنیتی و انتظامی جمهور اسلامی دستکم ۷۰۰ نفر از شهروندان را در همین دوره زمانی به اتهام جاسوسی برای موساد بازداشت کردند اما اغلب آنان مردم عادی بودند که ارتباطی با نهادهای نظامی و امنیتی اسرائیل نداشتند و این در حالیست که عملیات نیروهای ویژه ارتش اسرائیل و موساد در ایران همچنان ادامه دارد.
